Pertanian organik yang dikembangkan SPI adalah konsep pertanian agroekologis yang berbasiskan atau dikelola keluarga petani bukan berbentuk agribisnis. Menurut konsep kami, pertanian organik adalah sebuah perlawanan terhadap sistem pertanian yang menindas, merusak lingkungan, memiskinkan keanekaragaman hayati dan mengesampingkan kearifan lokal.
Untuk mengimplementasikan konsep pertanian organik, SPI memiliki pusat-pusat pendidikan dan pelatihan (Pusdiklat) di berbagai wilayah di Indonesia. Pusdiklat dimanfaatkan sebagai sarana menggali ilmu, bertukar pengalaman dan percobaan-percobaan budidaya tanaman. Pudsiklat juga menerima peserta magang, bagi anggota SPI yang ingin mengembangkan pertanian organik. Sampai saat ini, pusdiklat-pusdiklat SPI sudah meluluskan banyak petani yang siap untuk mengimplementasikan sistem pertanian organik di daerahnya masing-masing.